Trò chơi diễn ra trong các vũ trụ song song Arcadia dưới sự thống trị của ma thuật và Stark hiện đại trong quá trình công nghiệp hóa. Nhân vật chính, April Ryan, là một sinh viên nghệ thuật 18 tuổi sống ở Stark, được nhận dạng là một 'Shifter' có khả năng di chuyển giữa hai thế giới này, và được giao nhiệm vụ khôi phục lại trạng thái Cân bằng thiết yếu của chúng.

Câu chuyện bắt đầu ở Stark, nơi April đang ngủ vô tình chuyển đến Arcadia và gặp mặt 'Rồng Trắng', xác định cô là nữ anh hùng của câu chuyện sắp tới. Khi biết được điều này, April bị một cơn lốc đen tối 'Chaos Vortex' tấn công và thức tỉnh ở Stark, rồi cô nhanh chóng gạt bỏ trải nghiệm của mình như một cơn ác mộng. Nhân vật 'Cortez' về sau làm cô ngạc nhiên khi tiết lộ kiến thức của mình. Khi hoạt động siêu thực bắt đầu ảnh hưởng đến bạn bè của mình, April gặp lại Cortez, rồi được chở đến thành phố Arcadia tên là Marcuria. Tại đây ông được gặp Tobias Grensret, Vestrum của Sentinel; học hỏi Alltongue, ngôn ngữ phổ biến ở Arcadia; và lắng nghe Tobias kể rằng trạng thái Cân bằng cả hai thế giới đang tan biến sau sự bỏ rơi của Guardian, và phải được phục hồi bằng sự xuất hiện của một thế giới khác.

Để tìm đường trở về Stark, April bèn đến thăm Brian Westhouse, một người bạn của Cortez, người hỗ trợ cô trở về; Cortez sau này nói với cô về tổ chức được gọi là Vanguard hoặc Church of Voltec. Ngày hôm sau, April trao đổi ý kiến Warren Hughes, một cậu bé vô gia cư đồng ý giúp đỡ April nếu cô xóa bỏ hồ sơ tội phạm và đi tìm cô em gái mất tích của mình, nhờ đó mà April tìm thấy một khối dữ liệu trên Church of Voltec. Hughes liền giới thiệu cô với một hacker tên là Burns Flipper, kẻ tiết lộ rằng ông trùm giàu có Jacob McAllen mới là người đứng đầu Vanguard, được sự trợ giúp của Gordon Halloway, cựu ứng cử viên cho chức vụ Guardianship được Vanguard phân chia thành Chaos (ở Arcadia) và Logic (ở Stark), và đưa cho cô ấy một nhận dạng sai để xâm nhập vào Vanguard thông qua công ty bình phong MTI.

Gặp được Cortez và Cha Raul trong một nhà thờ chính tòa Công giáo, April được cho biết rằng Arcadia đang trên bờ vực chiến tranh. Sau đó tại Arcadia, April gặp chủ nhà trọ, Benrime Salmin, và nhà ngoại cảm Abnaxus, đại sứ Venar, với lời nhận định về mối nguy hiểm sắp tới. Vào buổi sáng, April biết được bốn loài phép thuật, mỗi loài có lời tiên tri về một vị cứu tinh sẽ khôi phục lại Cân bằng, sau cùng chỉ mỗi cách phá vỡ nó – và quyết định đến thăm một loài như vậy, Alatia có cánh của đảo Alais, đã có được chuyến du lịch biển bằng cách giải cứu một con chim biết nói mà cô đặt tên là Crow. Trước khi khởi hành, cô biết rằng mình phải đánh bại một nhà giả kim tên là Roper Klacks, nhằm giải phóng cơn gió ngăn chặn con tàu mà anh ta bị giam cầm.

Ở tòa tháp của Roper Klacks, April thách thức Klacks sử dụng phép thuật của hắn chống lại máy tính của cô và giành chiến thắng. Ngay trước khi khởi hành đến Alais, Tobias giao cho April món đồ mang tên Talisman đại diện cho trạng thái Cân bằng. Trên đường đi, April giết chết con quái vật được gọi là 'Gribbler' trong khi giải cứu một trong những tù nhân bị giam cầm của cô gọi là Banda, loài mà sau này đặt cho cô cái tên 'April Bandu-embata' như một dấu hiệu của lòng biết ơn và ban cho cô một phần đĩa cần thiết để khôi phục lại trạng thái Cân bằng. Trong suốt quãng đường đến Alais, một cơn bão 'Chaos Storm' bất ngờ tấn công con tàu và April liền phá hủy la bàn của con tàu để khôi phục lại hướng đi của nó. Khi thuyền trưởng trên tàu âm mưu đoạt lấy Talisman, April cố gắng lấy lại nó và làm như vậy đã đánh chìm con tàu, sau đó thủy thủ đoàn bèn bỏ rơi cô trên một chiếc bè. Cô bị Maerum, một loài giống như Nàng tiên cá liên quan đến Alatia, nhưng hiện là kẻ thù của họ. Khi tiết lộ tổ tiên chung của họ, April hoàn thành một lời tiên tri về 'Waterstiller', vị cứu tinh theo như lời kể từ xa xưa của Maerum.

Sau khi hoàn thành lời tiên tri thứ hai bằng cách giết một 'Snapjaw', cô được truyền đạt để hoàn thành phần ba bằng cách tái hợp nhất Maerum với người Alatia. Sau một loạt các nhiệm vụ và trong cuộc gặp gỡ với nhà lãnh đạo của người Alatia, April đã thực hiện lời tiên tri của họ bằng cách bay không cánh, và thuyết phục Alatia làm hòa với Maerum. Trong một hang động ven biển, người bảo vệ của Teller và Nữ hoàng Maerum Queen mang theo những viên đá kết hợp với nhau để tạo thành phần thứ hai của đĩa Cân bằng; nhân đó, Maerum chuyển giao April, theo yêu cầu của riêng cô, cho Rồng Xanh, người đưa cho April một trong số các viên Ngọc quý của đĩa và đưa cô đến một con tàu có giống dân cư trú gọi là Dark People, họ trao cho April mảnh thứ ba của đĩa, và một bản đồ thiên văn định vị lãnh địa Guardian's Realm. Tại cảng Marcurian, April lại bị Chaos tấn công và quay trở về Nhà thờ chính tòa ở Stark. Ở đó, Cha Raul tiết lộ rằng ông cũng là một Sentinel Minstrum của Stark, và Cortez bị mất tích. Khi trở về chỗ ở của mình, April bất ngờ bị Gordon Halloway bắt giữ. Cô được giải cứu bởi một nhân vật khác, Lady Alvane, người dạy cho April cách thay đổi theo ý muốn, và gửi April đến Abnaxus để nhận mảnh cuối cùng của đĩa. April bèn quay trở lại chỗ Rồng Trắng, người tiết lộ mình là mẹ của April và chết, và một con Rồng Trắng mới xuất hiện từ trứng của cô.

Quay trở lại Stark, April đưa cho Flipper bản đồ sao để giải mã, xâm nhập MTI, và bị nhân vật phản diện McAllen bắt giữ. Không thể trốn thoát, cô giao nộp hai viên ngọc và chiếc đĩa của mình, rồi bị tống giam. Khi trốn thoát việc truy đuổi món đồ của mình, cô lại bị mắc kẹt; nhưng được Cortez cứu thoát. McAllen sau mới tiết lộ rằng hắn ta và Cortez thực ra là hai con Rồng (được gọi là 'Draic Kin', trong vũ trụ) có nghĩa là để bảo vệ Stark, nhưng bất hòa sau quyết định của McAllen hòng tái hợp hai thế giới bất chấp nguy cơ Chaos. Hai người sau đó dường như chết trong chiến đấu. Lấy lại đĩa và bốn viên ngọc, April bèn quay lại gặp Flipper, mà cô thấy đã chết sau khi bị Gordon Halloway, thu giữ bản đồ được giải mã của mình, và lấy được một bản sao từ hắn ta, nơi cô sử dụng để tìm ra Guardian's Realm nằm gần trạm không gian 'Morning Star'. Đặt chân đến đây rồi, April tìm cách giải thoát cho Adrian, một Guardian vô chủ, và trốn thoát cùng lúc Halloway đang đuổi theo. Trên đường đến Tháp canh tên gọi Guardians' Tower, cô nhốt Chaos Vortex vào trong Talisman của mình và rồi triệu hồi Crow giúp cô hoàn thành các thử nghiệm cần thiết. Bên trong tòa tháp này, April gặp lại Halloway với Chaos Vortex nhằm khôi phục lại ứng cử viên với tư cách là Guardian và trở về Stark và Arcadia.

Trong phần kết, cảnh quay trở về nhà của Lady Alvane, nơi cô đã thuật lại toàn bộ câu chuyện cho hai thanh niên, và nơi cô tiết lộ rằng hai thế giới tái hợp dưới thời Gordon Halloway. Sau khi họ rời đi, một Crow già lão và xám xịt bước vào, hỏi câu chuyện về "công chúa chiến binh" người đã chiến thắng trong cuộc chiến Cân bằng, và cô sửa lại ấn tượng của nó; một nguồn tham khảo có thể cho phần tiếp theo, Dreamfall: The Longest Journey.